由于食品安全信息追溯工作涉及部门较多，为了避免职责交叉，该《办法》对三个主要部门的职责予以明确：
上海市食品药品监管部门
负责上海市食品安全信息追溯工作的组织推进、综合协调；在整合有关食品和食用农产品信息追溯系统的基础上，建设全市统一的食品安全信息追溯平台，并负责食品生产、餐饮服务环节信息追溯系统的建设与运行、维护；会同相关部门拟订具体实施方案、相关技术标准；对食品生产、流通、餐饮服务环节和食用农产品流通环节的信息追溯，实施监督管理与行政执法。
上海市农业行政主管部门
负责食用农产品种植、养殖、初级加工环节信息追溯系统的建设与运行、维护；对食用农产品种植、养殖、初级加工环节和畜禽屠宰环节的信息追溯，实施监督管理与行政执法。
上海市商务主管部门
负责食品和食用农产品流通环节、畜禽屠宰环节信息追溯系统的建设与运行、维护；对食品和食用农产品流通环节的生产经营者履行信息追溯义务，进行指导、督促。
此外，《办法》对区（县）市场监管、农业、商务等部门，出入境检验检疫部门及其他相关部门的职责也进行了明确。同时，《办法》明确了市和区（县）人民政府领导本行政区域内的食品安全信息追溯工作，将食品安全信息追溯工作所需经费纳入同级财政预算，并对相关部门开展食品安全信息追溯工作情况进行评议、考核。
如何建设食品安全信息追溯管理系统和平台
目前，上海市已有市农委建立的地产蔬菜、水果生产环节质量安全追溯系统，市商务委建立的食用农产品流通安全信息追溯系统以及市食品药品监督管理局建立的餐饮服务信息追溯系统等。部分有条件的生产经营企业也已自行建立了信息追溯系统，市场上有提供信息追溯服务的专业机构，部分行业协会也有建立行业信息追溯系统的意愿。
《办法》规定，上海市食品药品监管部门在整合有关食品和食用农产品信息追溯系统的基础上，已建设全市统一的食品安全信息追溯平台（网址：www.shfda.org），食品生产经营企业可免费使用该追溯平台。在整合现有信息追溯系统的基础上，建设统一的信息追溯平台，可以避免重复建设和资源浪费。
该追溯平台已与相关部门建设的信息追溯系统进行对接，已使用上海市商务委、农委的追溯系统的食品生产经营企业仍可使用原系统。鼓励有条件的生产经营者、行业协会、第三方机构建立信息追溯系统，并与平台进行对接；市食品药品监管部门会同相关部门制定对接的技术标准，并提供指导与服务。因此，上海市新出台规章所构建的食品安全信息追溯体系是开放性的，生产经营者可以选择其认为最经济、便捷的方式履行信息追溯义务。
此外，考虑到目前上海市商务委推进的食用农产品流通安全信息追溯系统，要求生产经营者在上传信息的同时，利用“卡卡对接”等方式向下一个环节传递信息，实现物流与信息流的同步传递。目前，该做法已在上海市批发市场、标准化菜市场、大型连锁超市等流通环节广泛应用。为了巩固既有成果，并为信息传递预留空间，《办法》一方面要求批发经营企业、批发市场和标准化菜市场的经营管理者、连锁超市等已经纳入上海市食用农产品流通安全信息追溯系统的生产经营者利用物联网等信息技术手段，进行信息传递；另一方面，对其他需要实施信息传递的，由上海市食品药品监管部门会同相关部门制定具体方案，报上海市食安委批准后，向社会公布。
消费者可通过哪些方式查询追溯信息
实行食品安全信息追溯制度的最终目的是为了保护消费者的知情权和饮食安全，《办法》对消费者知情权的保护措施作出如下四项规定：
1.消费者有权通过信息追溯平台、专用查询设备等，查询追溯食品和食用农产品的来源信息；
2.追溯食品和食用农产品的生产经营者应当根据消费者的要求，向其提供追溯食品和食用农产品的来源信息；
3.鼓励生产经营者在生产经营场所或者企业网站上主动向消费者公示追溯食品与食用农产品的有关信息；
4.消费者可以对生产经营者违反信息追溯管理的行为进行投诉举报。
消费者、食品生产经营者或上海市行政部门需要查询食品安全追溯信息的，可通过上海市食品安全网的上海市食品安全追溯查询平台（http：//foodtrace.safe517.com/traceWebPublic/）进行查询，也可通过标准化菜市场、超市等场所提供的专用查询设备进行查询。消费者可以通过取得追溯码、商品条形码、商品条形码+批次号进行查询。
如何确保追溯管理工作的落实
食品药品监管、市场监管、农业等行政监管部门应当采取的措施包括三项：一是将食品安全信息追溯管理纳入年度监督管理计划；二是通过定期核查、监督抽查等方式，加强对生产经营者履行食品安全信息追溯义务的监督检查；三是将有关情况纳入食品和食用农产品生产经营者的信用档案。
《办法》对四类违反食品和食用农产品安全信息追溯义务的生产经营者实施行政处罚：
1.未按照规定上传其名称、法定代表人或者负责人姓名、地址、联系方式、生产经营许可等资质证明材料，或者在信息发生变动后未及时更新电子档案相关内容的，由食品药品监管、市场监管、农业等部门按照各自职责，责令改正；拒不改正的，处以2 000元以上5 000元以下罚款；
2.未按照规定及时向食品安全信息追溯平台上传相关信息的，由食品药品监管、市场监管、农业等部门按照各自职责，责令改正；拒不改正的，处以2 000元以上5 000元以下罚款；
3.追溯食品和食用农产品的生产经营者故意上传虚假信息的，由食品药品监管、市场监管、农业等部门按照各自职责，处以5 000元以上2万元以下罚款；
4.追溯食品和食用农产品的生产经营者拒绝向消费者提供追溯食品和食用农产品来源信息的，由食品药品监管、市场监管、农业等部门按照各自职责，责令改正，给予警告。
